南京海昌中药集团为南京中医药大学与南京高新技术经济开发总公司合作，于2008年6月，在南京国家级高新技术产业开发区内成立的产、学、研紧密结合的高新技术企业。公司注册资金为1亿元人民币，是现代中药的产、学、研联合示范工程。集团主要研发、生产按既定标准操作规程（SOP）加工炮制的中药饮片、中成药、中药炮制设备、中药饮片生产信息化管理系统（硬件软件成套设备）、煎药机、发芽米设备等。集团拥有南京海昌中药集团研发中心以及南京海源中药饮片有限公司、江苏海昇药业有限公司、杭州海善制药设备有限公司3家子公司。